近年来，蒙山旅游区按照“以保护为主，在保护基础上发展，在发展中保护”的理念，加快推进森林公园、地质遗迹、古村落、水源地、生态农业五大生态保护工程，建设和保护好青山绿树、碧水蓝天的良好生态，着力打造生态养生名山。经过几年的努力，蒙山生态建设水平明显提升，成为中国生态名山创建标志之山。
实施森林公园保护工程，着力提升森林绿色生态功能。近年来，蒙山旅游区把造林绿化和森林抚育作为生态名山建设的重要抓手，3年完成造林绿化2万多亩，森林抚育3.6万亩，核心景区森林覆盖率达95%以上，天麻林场被评为“全国十佳国有林场”，万寿宫林场被命名为“山东省生态文明示范教育基地”。同时，加大对森林资源的保护，把防火作为重中之重，组建了120人的防火队伍，设置防火检查站60处，实施了1.6万米的山水灭火管网建设项目，建设停机坪2处、防火指挥中心2个、远红外自动报警视频监控点30个，落实人防、物防、技防要求，实行半封闭式管理;开展古树名木普查建档、抚育、复壮和拯救工作，对普查备案的古树名木全部登记造册，做到一树一套档案，并对16种国家和省级保护树种、17株树龄超过千年的古树实行挂牌保护。
实施古村落保护工程，着力推进乡村文化根基延续。蒙山旅游区把古村落保护作为立村之本、旅游之魂，对李家石屋、大洼、百泉峪、金三峪等4个片区的16个古村落进行了重点保护。该区坚持“保护为主、抢修第一、合理利用、传承发展”的方针，充分挖掘古村历史文化，有效整合古村资源，从文化传承、建筑艺术、农耕文明等方面强化保护措施，统一风格色调，房屋建筑按照当地原结构、原材料、原工艺进行修缮，确保“修旧如旧、尊重自然、原状不变”，重现古村落的真实性和完整性。2014年，该区鬼谷子村、李家石屋村被评为“中华古村落”，同时依托古村落独特资源，创建省级旅游特色村8个。
实施生态农业保护工程，着力培育蒙山健康农产品品牌。依托优质的空气、土壤、水自然生态环境，蒙山旅游区大力发展中药材、有机果蔬、花卉苗木、茶叶、食用菌，强力推进蒙山健康农产品品牌培育。该区加强农业环境保护，对农药经营店进行严格把关，禁止施用剧毒农药;大力倡导科学、规范、安全的农业生产方式，推广测土配方施肥技术，确保土壤安全和营养平衡;积极推进无公害农产品产地认定和认证，放大蒙山健康农产品品牌效应。今年以来，该区新发展特色林下食用菌基地 1000亩，蓝莓生产基地3000亩，中药材、有机瓜果等特色农产品基地6000亩;获得有机农产品认证9个、无公害和绿色食品认证14个;新增市级优质农产品品牌1个;新增涵盖农业、林业、畜牧、旅游等专业合作社140家。
实施水源地保护工程，着力保护水资源环境。蒙山旅游区围绕打造蒙山水文化品牌，创建省级水利风景区，深入实施水源地保护工程。该区建立了水源地保护报告制度，加大水源地周边的环境监察、监测力度，成立3个检查中队，不定期派人巡查;下大力气采取集中供水，减少地下水开采量，对重点流域、区域、集中式饮用水源地、农村饮用水源地定期进行监测，最大限度地防止私自挖井采水现象。为保证集中供水不出现缺水问题，加强了水源地蓄水能力建设，新建了8座自动雨量站、16座自动水位站、2处卫星通讯信道。实施了老龙潭水库引水工程和陈家庄水库调水工程抗旱应急水源项目，完成了23处小型蓄水拦水工程，对18处水库塘坝除险加固，增加蓄水能力1200万立方米。
实施地质遗迹保护工程，着力创建沂蒙山世界地质公园。蒙山旅游区把创建沂蒙山世界地质公园作为一个重要目标，编制了沂蒙山地质遗迹保护规划，制订了沂蒙山地质遗迹保护管理办法，对园区内102处地质遗迹保护点全部建立了保护名录并归档;完善了地质遗迹管理体制机制，成立了沂蒙山国家地质公园管理办公室，加大公园管理和执法监督力度，加强国土资源、建设、旅游、文物等各专业部门的协调和配合，建立健全了保护合作机制;加大了地质遗迹保护综合投入，自2006年创建沂蒙山国家地质公园以来，先后累计投资5120万元，保护国家级地质遗迹14处、省级13处、市级25处。2013年荣获“中国最美地质公园”第九名。为进一步加强对沂蒙山地质遗迹的保护，打造世界级旅游品牌，目前该区正积极申报沂蒙山世界地质公园。
