2016年清明节小长假运输期限为4月1日至4日，为期4天。北京南站预计发送旅客55.6万人(日均13.9万人)，同比增幅7.8%。高峰日预计为4月2日，单日旅客发送量预计达到17.5万人，增幅4.8%。4月1日正值周五，预计12:00以后北京南站始发客流将迅速增长，特别是京津城际短途客流将在15:00～23:00形成出行高峰。
清明小长假期间，北京南站客流以祭扫、探亲、旅游客流为主，直通客流和管内客流出现双向激增，其中直通客流主要集中在济南、青岛、南京、杭州、上海虹桥、宁波等地，管内客流则主要集中在天津方向。
为确保旅客顺利出行，车站加强运力保障，清明假日运输期间，北京南站京沪高铁开行92列，同时增开至泰安、济南、青岛、烟台、德州等方向共10列动车组列车(北京南～廊坊G9001次，北京南～泰安G3919次，北京南～济南西G4287、G4215、G4523次，北京南～济南G4961次，北京南～青岛北D4959次，北京南～烟台G4219次，北京南～荣成G4217次，北京南～德州D9121次)，方便旅客出行;京津城际开行93列。届时北京南站日均运能达到16.5万人，较去年同期增长13%。
在售票服务上，一方面针对旅客出行高峰带来的取票高峰，车站将采取自动售票专区取售分离措施，将高架候车区1号售票厅、3号售票厅对面的自动售票专区、北进口自动售票专区和位于地下换乘层的7号自动售票专区设置为取票专区，引导用二代身份证在网络购票的旅客快速换取纸质车票，减少旅客排队等候时间。另一方面，车站还将根据旅客需求，开设人工取票绿色通道，专门为持护照、户口本等无法在自动售票机取票的旅客快速办理取票业务。
在客运服务上，客流高峰时段车站将在进站电扶梯设置软隔离带，采取宣传引导、分段放行等疏导措施，确保旅客安全有序乘梯。此外，车站还将延长地下换乘层快速进站厅开启时间，对京津城际、京沪高铁部分车次采取与高架候车区同步检票放行的方法，来缩短旅客检票进站的等候时间，确保旅客快速检票上车。
在服务重点旅客上，充分发挥官方微博和润秋微博两个预约平台作用，保证热线电话、现场预约服务力量，让重点旅客可以快速预约、便捷乘车。同时用好润秋服务台、爱心售票窗口、爱心通道、爱心候车专区等一系列便民利民措施，为假日出行的重点旅客提供爱心一条龙服务。此外，车站将通过站内广播、官方微博和北京交通广播电台、北京电视台等新闻媒体，及时发布列车运行、票额等信息，方便旅客获取资讯，提前安排行程。
车站成立机关党员干部突击队，同时，武警战士和志愿者也将支援车站，在进站口、售票厅、检票处、电梯旁和站台等关键处所值守，做好引导、咨询和帮扶服务，确保广大旅客在北京南站安全、方便、温馨出行。
在这里北京南站提示广大旅客，每日7:30-9:00,11:00-13:00,17:00-19:00三个时段北京南站客流较为集中，请乘坐以上时间车次的旅客提早出门，为进站安检留出时间，以免耽误您的行程。
