遵从格鲁派先显后密、显密兼备的学修原则，拉卜楞寺在建寺16年之内组建了修习显宗的闻思学院和修持密宗的续部下学院，而后陆续组建的其他学院，进一步完善学科建设，提高学修综合实力（闻思学院建于1711年，续部下学院建于1716年，时轮学院建于1763年，医药学院建于1784年，喜金刚学院建于1879年，续部上学院建于1929年）。
闻思学院为培养佛学理论人才的显宗学院，僧额占到全寺的60%多，是六大学院中规模最大、高僧云集的核心学院。闻思学院以习究三藏（论、律、经）、三学（戒律、禅定、胜慧）、四大教义（毗婆沙、经部师、唯识师、中观师）为主。通过师授、背诵和辩论的形式，达到通晓五大论（因明、般若、中观、俱舍、律学），这五大部经典，分十三级学习，一般最少须15年才能完成。
因明部，5个级次，学制5年，学习摄类学和因明学。一至四年级为摄类学，是学习佛教理论的入门课程，第一年课程“辩红白下”，第二年课程“辩红白上”，第三年课程“摄类中品”，第四年课程“摄类上品”，教材以俄昂扎西的《摄类论》为主，第五年学习佛教逻辑学和认识论的因明学，为其后攻读佛教哲学铺垫基础，教材以印度发称所著《释量论》及宗喀巴、嘉曹杰、凯珠杰、嘉木样一世的因明学论著为主，旁及印度及藏区高僧的其他著作。
般若部，4个级次，学制4年，第一年课程“新论下”，第二年课程“新论上”，第三年课程“第一品至第三品”，第四年课程“第四品至第八品”，主要教材是印度慈氏所著《现观庄严论》及宗喀巴、嘉曹杰、嘉木样一世所著般若学典籍，旁及印度传译名著和藏区高僧的相关著作。
中观部，2个级次，学制2年，第一年课程“中观新论”，第二年课程“中观旧论”，以印度龙树所著《中观论》、月称所著《入中观论》及宗喀巴、嘉木样一世等的中观论著作为主，旁及印度传译名著和藏区高僧的相关著作。
俱舍部，1个级次，学制4年，第一年课程为前四品，第二年课程为后四品，第三、第四学年为总复习，主要教材是印度世亲所著《俱舍论》，另有宗喀巴和嘉木样一世所著俱舍论著作，旁及印度传译名著和藏区高僧的相关著作。
戒律部，只设1个级次，但学程没有年限，是以修行持戒为主的学部，教程以印度功德光所著《戒律论》、宗喀巴师徒三人和嘉木样一世所著戒律学典籍为主。
五部大论之间环环相扣、彼此呼应、由浅入深、主次分明，构成格鲁派教义的完整体系。
闻思学院全年分为9个讲辩学期，其中4大学期（每期30天）、2中学期（每期20天）和3小学期（包括七月辩经法会，每期15天）。显宗理论的学习方法是个人背诵、师父教授与集体辩论相结合。学僧在各个学期之间，傍晚各自背诵课文，白天投拜师父闻习经文。背诵课文是学习的第一要求，也是基本功的必然体现。否则无从进入听讲、辩论的程序。鉴于背诵的重要性，按照传统规定[4]，九个学期是全院集中进行讲辩的法会，一是法台向十三个班级分别传授课程，二是僧众对各自所学课程分别展开辩论。辩论是学习的主要形式，利用在因明部掌握的逻辑程式对学习内容进行举一反三的辩论，从而达到辨别真伪并确立自己正确观点和攻破他人错误见解的认识能力。全年9个讲辩学期的辩论训练分为两种：一种在秋季讲经坛举行，具体形式有三：一是班级内部的辩论，即答辩者一两个人应答；二是本班级两名学僧到下级班参加答辩，由下级班学僧提问，内容是下级班所学课程；三是本班级两名学僧到上级班参加答辩，由上级班学僧提问，内容是答辩者所学课程。辩论时答辩者盘腿坐于中间，提问者环形立身发问。第二种是每年农历四月十九至二十四日在夏季法苑举行的班级对辩大会，期间以班为单位，相互直面辩论，唇枪舌剑，攻防转换，精彩纷呈，气氛热烈，高潮迭起。每个部级和每个学期的课程，学僧必须按时保质保量完成，反之就会影响晋部升级。
闻思学院五部十三级的学僧每年经历一次升级考试，时间是每年农历十一月十九日。考试方式是背诵和答辩，以当众答辩为主。通过背诵测试学僧是否完成了规定课程及其勤惰态度，体现表面修学成绩；通过答辩测试学僧对所学内容的理解程度及其思辨能力，体现内功真才实学。答辩合格者正常晋升，其中成绩优秀者还可得到物质奖励和精神表彰；学僧若不参加考试或缺乏通过考试的把握，那么就是放弃了升级资格，即可自动申请降级，再做来年应试的准备；如果功底浅薄，既不能背诵也不能答辩者，提出降级申请而愿意从头学习亦可。在历次考试中淘汰了的僧侣被分流到其他各种非修学岗位上，成为寺院中的勤杂僧侣。
专题来源：九色甘南
